CODEFF protege un área de bosque laurifolio con especies como quila, palo santo, coigüe y tepa, más formaciones ribereñas de ulmo, tepú y canelo. Este ecosistema de alta biodiversidad y endemismo alberga pudú, guiña, huillín y el críticamente amenazado zorro de Darwin, junto a flora vulnerable como lingue y múltiples helechos. El humedal actúa como esponja natural que regula el agua y refugia aves migratorias en Chiloé.